CY Cergy-Paris Université développe une recherche pluridisciplinaire et transdisciplinaire. Les 23 laboratoires, 6 plateformes techno, accueillent environ 500 enseignants chercheurs, 450 doctorants dont les travaux s'articulent autour des grands domaines suivants : Matériaux, molécules, bio-ingénierie / Technologies et systèmes de traitement de l'information / Modélisation des dynamiques et des interactions, gestion des risques / Patrimoine, éducation et construction des savoirs / Normes sociales, politiques et dynamiques des territoires.